Катедрата по Фармакогнозия е една от най-старите катедри, свързани с фармацевтичното образование у нас, чието начало се поставя през 1942 г. Тогава се открива специалност Фармация във Физико-математическия факултет на Софийския университет. През учебната 1942/1943 г. се основават катедрите по Фармакогнозия с галенична фармация и Фармацевтична химия. През 1951 г. катедрата поема преподаването и по ботаника (доц. Стою Вълев). През 1990 г. към катедрата се разкрива Лаборатория (днес направление) по Фармацевтична биотехнология (проф. дфн Илиана Йонкова). Поставя се началото в България на модерната фармакогнозия и се въвеждат съвременни програми за обучение и научно-изследователска дейност, унифицирани с водещите Европейски Университети. И до днес Катедрата по фармакогнозия към Фармацевтичния факултет МУ – София е единствената в страната, предлагаща обучение по Фармацевтична биотехнология за студенти, дипломанти, специализанти и докторанти по фармация.

Първи ръководител на катедрата e проф. дф Аспарух Бойчинов (1946-1966), проф. дф Христо Ахтарджиев (1966-1983) г., проф.дф Иван Асенов (1984-1999), проф. дфн Стефан Николов (1999-2015), проф. дфн Илиана Йонкова (2015-2023), проф. дфн Илина Кръстева ( от ноември 2023).