Катедрата по Фармакогнозия е една от най-старите катедри, свързани с фармацевтичното образование у нас, чието начало се поставя през 1942 г. Тогава се открива специалност Фармация във Физико-математическия факултет на Софийския университет. През учебната 1942/1943 г. се основават катедрите по Фармакогнозия с галенична фармация и Фармацевтична химия. През 1951 г. катедрата поема преподаването и по ботаника (доц. Стою Вълев). През 1990 г. към катедрата се разкрива Лаборатория (днес направление) по Фармацевтична биотехнология (от проф. дфн Илиана Йонкова), която е единствената в страната, предлагаща това обучение за студенти, дипломанти, специализанти и докторанти по фармация. През годините Катедрата по фармакогнозия постоянно се развива, както в научно-изследователска дейност, така и в учебно-преподавателската с въвеждане на съвременни програми за обучение, унифицирани с водещите Европейски Университети.
Първи ръководител на катедрата e проф. дф Аспарух Бойчинов (1946-1966 г.). След него ръководители на катедрата последователно са проф. дф Христо Ахтарджиев (1966-1983 г.), проф. дф Иван Асенов (1984-1999 г.), проф. дфн Стефан Николов (1999-2015 г.), проф. дфн Илиана Йонкова (2015-2023 г.). Настоящият ръководител на катедрата е проф. дфн Илина Кръстева (от 2023 г.).