Обучението на студентите по фармация се извършва по учебни планове, приети от Факултетен съвет и утвърдени от Академичния съвет в съответствие с единните държавни изисквания (ЕДИ) за придобиване на образователно квалификационна степен „магистър” по специалността фармация. Те съответстват напълно на Европейските директиви за фармацевтично образование. Продължителността на обучението е 5 академични години, IX семестъра и 6 месеца стаж в аптека. По време на следването студентите могат да получат допълнителни специализации по Промишлена или Клинична фармация. Профилирането на студентите става по собствен избор след VI семестър. Учебния план за студентите фармацевти включва 39 учебни дисциплини. Преподаванията по медицинските дисциплини се провеждат в Медицински факултет на Медицински Университет – София

През X семестър от следването си студентите фармацевти провеждат задължителен преддипломен стаж в аптека (180 дни) и полагат колоквиуми по дисциплините включени в държавния изпит. Дипломирането става след полагане на държавен изпит по 5 профилни дисциплини (фармакогнозия, фармакология, фармацевтична химия, технология на лекарствата и социална фармация) или с разработване и защита на дипломна работа. Дипломираните студенти получават образователно-квалификационна степен „магистър” по фармация.