Катедрата е създадена на 3 юли 1973 г. като самостоятелна структура във Фармацевтичния факултет при Медицински университет – София. Първи ръководител е проф. Душка Станева – изтъкнат български фармаколог, допринесла за утвърждаването ѝ като водещо звено в преподаването и научната дейност. Сред първите ѝ сътрудници са проф. Ради Овчаров, проф. Цветан Бояджиев и проф. Йосиф Иларионов. В следващите десетилетия катедрата се развива под ръководството на изтъкнати учени като проф. Маргарита Караиванова и проф. Николай Данчев,

Преподаването по токсикология има дългогодишна традиция, поставена още в края на 60-те години от проф. Цанко Стойчев, но е доразвито до ключова научна и преподавателска област от проф. Митка Мичева.

Катедрата развива интегриран подход към обучението по фармакология, фармакотерапия и токсикология и активно участва в подготовката на студенти, специализанти и докторанти.

Днес тя поддържа силно присъствие в академичното и научното пространство, разполага с висококвалифициран екип, включващ сертифицирани европейски токсиколози (ERT), и предлага съвременни програми за обучение и специализация. Екипът включва експерти в областта на онкофармакологията, фармакологията на болката, възпалението и автакоидите, психо- и неврофармакологията, клиничната фармакология и фармакотерапията, лекарствения метаболизъм, лекарствената безопасност, нанотоксикологията, клетъчната и молекулярната фармакология.

Катедрата по фармакология, фармакотерапия и токсикология се откроява като академична структура с изключителен експертен потенциал и значима научна продукция, заемайки водещо място на национално ниво.