Във Фармацевтичния факултет се предлагат възможности за разработване на докторантури по всички специалности, преподавани във факултета. Те се отнасят към следните научни направления:

• Технология на лекарствените форми с биофармация;

• Фармакогнозия и фитохимия;

• Фармакология

• Токсикология;

• Фармацевтична химия и фармацевтичен анализ;

• Организация и икономика на фармацията;

• Неорганична, Органична, Аналитична и Физикохимия.

Съществуват три форми на обучение на докторанти:

• Редовна за български и чуждестранни докторанти със срок на провеждане 3 години;

•  Задочна за български и чуждестранни докторанти със срок на провеждане 4 години;

• Самостоятелна подготовка на дисертационен труд за преподаватели и сътрудници на Фармацевтичния факултет.

Зачисляването в докторантура за български граждани се извършва след разрешение от МОН, провеждане на приемни изпити и заплащане на еднократна такса (за редовна) и двукратна такса (за задочна) докторантура. Редовните докторанти получават държавна стипендия по време на обучението си.

Зачисляването в докторантура за чуждестранни граждани се извършва след разрешение от МОН. Цялостното управление на приемането и провеждането на докторантурата, финансовата обезпеченост и защитата се регулират с държавни нормативни документи (закони, постановления и наредби) и “Правилник за кандидатстване и провеждане на докторантурата в Медицински университет – София”.