Проф. дбн Екатерина Кожухарова завършва Биологически факултет на Софийски Университет през 1989 г.
От 2001 г. е гл. асистент, от 2003 г. доцент, а от 2020 г. професор към катедра „Фармакогнозия“.
Защитава докторска дисертация по научна специалност Ботаника 06.03. на тема “Репродуктивна биология на видове от род Gentiana представени в българската флора” през 1994.
Защитава дисертация за доктор на науките в Област на висше образование: 4. Природни науки, математика и информатика, Професионално направление: 4.3. „Биологически науки” по докторска програма Фармацевтична ботаника на тема „In situ и ex situ характерни особености в биологията на редки и ендемични растения, условия за опазване на генофонда“ през 2018.
Притежава специалност по Лечебни растения и билково дело придобити по линия на СДО в МУ-София има редица пост. док. специализации в чужбина (Университета в Марсилия, Франция, Университета в Хайфа, Израел, Университета в Упсала, Швеция, Университета Палермо, Италия и др.), Изнася лекции в чуждестранни университети – Лекции в Университета в Палермо през 2018 и 2019 и Лекции в Университета в Ирбит, Йордания 2019 по програмата Еразъм; има трима защитили докторанти – двама по докторска програма Фармацевтична ботаника и един, на който е съръководител.
Понастоящем заема длъжност професор, титуляр на курса по Фармацевтична ботаника към катедра Фармакогнозия.
Участва в обучението по „Фармацевтична ботаника“. Инициира разработване и е водещ преподавател на СИД “Етерични масла и ароматерапия”.
Научно-изследователската работа и приносите на Проф. дбн Екатерина Кожухарова са в областта на етноботаниката, репродуктивните системи и екологията на опрашване на лечебните растения, инвазивните видове, опазването на биоразнообразието и много други.
Автор и съавтор е на над 160 научни публикации, 5 учебни помагала, 7 монографии (глави от книги) с над 1300 цитирания в индексирани списания в J. Citation Reports на Clarivate, Scopus на Elsevier, Web of science на Clavirate, Google scholar и др.
Експерт в областта на етноботаника, опрашване и биология на размножаване на лечебни и редки растения, мелисопалинология, екосистемни услуги и опазване на редки растения.
Участник и/или ръководител на над 15 научни проекта, финансирани от MAB, Unesco, The Royal Society, Horizon 2020, COST, eContentPlus EU, Фонд „Научни изследвания“ – МОН, Оперативна програма “Околна среда – МОСВ, РП7/ННП – МОН, Форд мотор къмпани, BBFS, СМН – МУ-София.
Участва в редколегиите на две научни списания и е гост-редактор на Специално издание на Diversity издавано от MDPI. Член на редколегията на научни списания Journal of Pharmacognosy & Natural Products и Madridge Journal of Analytical Sciences and Instrumentation. Рецензент за над 15 научни списания като Plant Systematics and Evolution, Plant Physiology and Biochemistry Biodiversitas, Journal of Biological Diversity, Plants MDPI, Phytotaxa, Journal of Ethnopharmacology, Pharmacia, African Journal of Agricultural Research, Journal of Herbal Medicine, Journal of Medicinal Plant Research, Scientific Research and Essays и др.
Член на експертни групи по – Invasive plants and pollinators interactions, EU; експерт към ГДБОП и СДВР, и Постоянно действащи работни групи „Лечебни растения“ и „Междуведомствена Експертна Група по Опрашителите (МЕГО)“ към МОСВ и др. Член на професионални организации и асоциации: Българско Ботаническо Дружество, Българско Научно Дружество по Фармация, Българско Фитохимично Сдружение, Дружество на анималисти, флористи и научни илюстратори – ДАФНИ

Научни проекти:
● Проект 2022 СМН, МУ-София „Фактори за оптимално качество и количество на етеричното масло от лавандула – репродуктивни системи, опрашване и опрашители“ № Д-153/14.06.2022 г. ПРОЕКТ с вх. № 7339/18.11.2021 г. в изследователски екип: Ръководител проф. Е. Кожухарова дбн
● Проект 2020-2024 Проект Опазване на околната среда и намаляване на риска от неблагоприятни явления и природни бедствия“, Национална научна програма (ННП), одобрена с Решение на МС № 577/17.08.2018 г. и финансирана от МОН (Споразумение № Д01-230/06.12.2018 г.) – участник като експерт
● Проект 2020-2024 Проект Conservation of European Biodiversity through Exploitation of Traditional Herbal Knowledge for the Development of Innovative Products“, Horizon 2020, H2020-MSCA-RISE-2018, Proposal number: 823973, Proposal acronym: EthnoHERBS – участник като експерт
● Проект 2020-2024 Assessing floral complexity as plant vulnerability indicator of the European flora within European COST project Conserve Plants. – участник като експерт
● Проект 2022-2026 European Union NextGenerationEU economic recovery package via the National Recovery and Resilience Plan of the Republic of Bulgaria, Звено в „Изследователски университет“ към МУ-София, участник като установен изследовател.
● Проект 2025-2026 Интегрирани технологии за оптимизация на биоактивни Thymus продукти (ThymoBioTech) Финансирано от Европейския съюз Следващо Поколение ЕС, План за възстановяване и устойчивост, Република България, Звено в ИБЕИ, БАН, участник като експерт

https://www.webofscience.com/wos/author/record/510462

https://www.scopus.com/authid/detail.uri?authorId=8637598500

https://ras.nacid.bg/dissertation-preview/15174

https://orcid.org/0000-0001-6795-9660