Катедрата е основана през 1942, като част от секция Фармация на Факултета по естествени науки и математика на СУ „Климент Охридски“. В началото тя е част от катедра „Фармакогнозия и Галенична фармация“, а по-късно през 1947 става самостоятелна катедра. Проф. Д-р Трендафил А. Трендафилов (1907-1976) е бил един от основателите и пръв ръководител на катедрата. След пенсионирането му през 1972, Професор Д-р Иван Исаев (1920-1995) става ръководител катедра „Аптечна и Промишлена технология на лекарствата“.
Катедра „Химия” е основана като самостоятелна катедра към Фармацевтичен факултет на Медицински университет София през 1959 година. Дотогава всички курсове по неорганична химия, аналитична химия и физикохимия са водени от преподаватели по съответните дисциплини от Факултета по природни науки и математика към Софийския университет „Св. Климент Охридски“. През 2010 година към катедрата се присъединява и секцията по органична химия.
Катедрата по Организация и икономика на фармацията е основана през 1947г. с въвеждането на лекционния курс по „История на фармацията и Организация на Държавната аптечна мрежа“. Лекционният материал е воден от проф. Анна Боева. От 1957г. до 1972г. лекциите по организация, планиране и икономика на Държавната аптечна мрежа (без История на фармацията) се водят от доц. Васил Новачков. През 1972г. става независима катедра на Фармацевтичния факултет.