Историята на катедрата по Фармацевтична химия води началото си от създаването на Фармацевтичния отдел към Физико-математическия факултет на Софийския университет. Тя е основана през учебната 1942/1943 г. Пръв ръководител на Катедрата по фармацевтична химия e проф. Димитър Далев, получил фармацевтично образование във Виена (1918-1922 г.) и специализирал в Германия (1936-1938 г.). От 1942 г. проф. Далев ръководи Катедрата до 1964 г., като от 1951 до 1964 г. е и Декан на Фармацевтичен факултет. През периода 1954-1982 г. катедрата води и преподаването по органична химия и се нарича „Катедра по фармацевтична и органична химия“. Ръководител на катедрата за периода 1966 – 1982 г. е проф. Дамян Данчев. През 1982 г. катедрата си възвръща първоначалното име и за неин ръководител е избрана проф. Лиляна Дряновска – Нонинска, дф.

Следващите ръководители на катедрата са проф. дфн Йордан Гагаузов, дфн (1986 – 1994 г.), доц. Петя Аврамова, дф (1994-2001 г.), проф. Пламен Пейков, дф (2000 – 2016 г.), проф. Александър Златков, дфн (2016 – 2025 г.) и проф. Мая Георгиева (от 2025 г.).

В катедрата се осъществява преподаването по задължителните дисциплини Фармацевтична химия, Фармацевтичен анализ и Броматология и свободно избираемите дисциплини Синтез и охарактеризиране на лекарства, Синтез на радиофармацевтични продукти и БАВ за диагностика и лечение, Токсикологична химия. В рамките на специализациите по време на обучението по клинична фармация и промишлена фармация катедрата води обучението по дисциплините, съответно, Анализ на вещества и метаболити в биологични среди и Процеси и апарати в химико-фармацевтичната технология.