Фармацевтичният факултет става част от Медицински Университет – София  през 1995 г. Фармацевтичният факултет чества своята 50 годишнина през 2001 г. Във фармацевтичния факултет са обособени шест катедри, в три от които се преподават фундаментални дисциплини (неорганична, аналитична и органична химия, физикохимия, фармацевтична ботаника и математика). В останалите  катедри е организирано обучение по специалните фармацевтични дисциплини (Технология на лекарствата и Биофармация, Фармакогнозия (Фитохимия), Фармацевтична химия и Фармацевтичен анализ, Фармакология и токсикология, Социална фармация) Медицинските дисциплини се преподават от съответните катедри към Медицински Университет- София.